პროდუქტები

პროტეომის მასშტაბით ფოსფორილირების მოვლენების ანალიზი ჯერ კიდევ მთავარ ანალიტიკურ გამოწვევას წარმოადგენს ცილის ფოსფორილირების ქსელების უზარმაზარი სირთულის გამო.ამ ნაშრომში ჩვენ ვაფასებთ Lys-N, Lys-C და ტრიპსინის კომპლემენტარობას ფოსფოპროტეომის გლობალურ ანალიზში წვლილის შეტანის უნართან დაკავშირებით.დაბალი pH ძლიერი კათიონური გაცვლის დახვეწილი ვერსია გამოიყენებოდა N-ტერმინალურად აცეტილირებული, ფოსფორილირებული და არამოდიფიცირებული პეპტიდების ეფექტურად გამოსაყოფად.სულ 5036 არაზედმეტი ფოსფოპეპტიდის იდენტიფიცირება შესაძლებელია ცრუ აღმოჩენის სიხშირით <1% 1 მგ ცილიდან სამი ფერმენტის კომბინაციის გამოყენებით.ჩვენმა მონაცემებმა აჩვენა, რომ სხვადასხვა პროტეაზებით გენერირებულ ფოსფოპეპტიდურ მონაცემთა ნაკრებებს შორის გადახურვა იყო ზღვრული, მაშინ როდესაც გადახურვა ორ ანალოგიურად გენერირებულ ტრიპტურ მონაცემთა ნაკრებებს შორის აღმოჩნდა მინიმუმ 4-ჯერ მეტი.ამ გზით, Lys-N-ისა და ტრიპსინის პარალელურმა გამოყენებამ შესაძლებელი გახადა აღმოჩენილი ფოსფოპეპტიდების რაოდენობის 72%-ით ზრდა, d-თან შედარებით მარტო ტრიპსინთან შედარებით, მაშინ როცა ტრიპსინის რეპლიკაციის ექსპერიმენტმა გამოიწვია მხოლოდ 25%-იანი ზრდა.ამრიგად, მხოლოდ ტრიპსინისა და Lys-N მონაცემებზე ფოკუსირებისას, ჩვენ გამოვავლინეთ 4671 არაზედმეტი ფოსფოპეპტიდი.აღმოჩენილი ადგილების შემდგომმა ანალიზმა აჩვენა, რომ Lys-N და ტრიპსინის მონაცემთა ნაკრები გამდიდრდა მნიშვნელოვნად განსხვავებული ფოსფორილირების მოტივებით, რაც კიდევ უფრო ადასტურებს, რომ მულტიპროტეაზას მიდგომები ძალიან ღირებულია ფოსფოპროტეომის ანალიზში.